公元9世纪上半叶，宗教和政治斗争日趋剧烈。公元839年，藏王达磨即位，他大力反佛，灭佛寺及僧徒。不到3年，他被政敌所杀害，吐蕃王朝崩溃，并逐渐形成割据的局面，进入封建农奴制社会。经过近一个世纪的战乱和分裂，佛教又再次兴盛繁荣。
在随后的300年间，王朝更迭频繁，经历了阿里王朝、萨迦王朝等，每一阶段在医学上都有一定成就。
阿里王朝时，从盂加拉迎请高僧阿狄夏入藏传授佛法。他带来大量佛经的同时，也带来了许多医学著作。如印度吠陀医学的重要医著《八支心要集》及其注释本《月光》，从而进一步促进了藏印医学的交流。
阿里王朝弘扬佛法的做法，在政治局势逐渐稳定的情况下，产生了积极的影响。在灭佛期间被埋藏的"伏藏"佛书，纷纷重新问世。其中特别具有重要意义的是宇陀·宁玛元丹贡布的《四部医典》重见天日。
公元1012年，红教的德敦·查巴旺西在桑耶寺乌兹经堂的瓶形殿柱内发现埋藏的《四部医典》，使这部沉睡了200多年的医著再度问世。从此，历代医家对该书不断进行研究、注疏、增订，并吸收藏医以外的知识，使其内容大大丰富。其中以11世纪左右的宇陀·萨玛元丹贡布的工作最为突出。宇陀·萨玛是宇陀·宁玛的第13代孙。他的最大功绩在于对《四部医典》做了十分详尽的修订、整理和补充，并根据该书的内容，编纂了一套《四部医典》的诠释，其中有些至今仍流传于世。
萨迦王朝时西藏正式归入中国版图。在八思巴统治西藏时期，昌狄家族的成员对藏医学做出了不少贡献。昌狄·班旦措吉所著《解剖明灯》和《药物蓝图》，都绘有一些图谱，这为其后绘制成套的"曼汤"打下了基础。
公元14世纪中叶，山南地区帕摩竹王朝的建立，替代萨迦王朝统治了全藏。藏医学在这一时期出现了不同的学派。其中以北派和南派为主要代表。
北派由著名藏医强巴·南杰扎桑创立。他的知识广博，除了对《四部医典》进行诠释的《所需所得》以外，还有一些其他著作。由于他生活在北方高原地带，对常见病如风湿证有丰富的治疗经验，擅长应用温热药物、艾灸及放血疗法。
南方学派的出现较北派略晚一些，其代表人物是舒卡·年姆尼多吉。他对南方的草药有独特的研究心得，著有《草药鉴别》、《草药性味》、《草药生态》。其后的南方学派重要医家洛追给布对《四部医典》也很有研究，著有《祖先口述》，此著作至今仍为医家学习和研究《四部医典》的重要参考书。
公元17世纪初，甘丹颇章王朝建立，这个王朝中比较有成就的是五世达赖（1617～1682），他十分重视发展科学，采取了一系列鼓励发展医学的政策和措施，使藏医学得到较大的发展。
五世达赖对培养医学人才比较重视，先后建立藏医机构数处。如在拉萨北郊的哲蚌寺设立"医学利众寺"，下令恢复日喀则的医学校，招收优秀青年喇嘛学习《四部医典》，培养优秀学者。
不久，五世达赖的摄政王第司·桑吉嘉措在拉萨设立"药王山医学利众寺"。该寺由桑吉嘉措直接主持。他凭借其政治地位，广泛研究历代各注家的著作，并根据亲身经验，对《四部医典》进行了深入细致的研究，特别对那些有争议的、比较难懂的问题进行了通俗的注解和诠释，于1686年完成巨著《四部医典蓝琉璃》，篇幅比原著增加一倍以上，内容通俗易懂，是《四部医典》的标准注释本。
这一时期，刻板和印刷的技术均已大大提高。桑吉嘉措在五世达赖的批准下，刻印了一大批藏医的重要著作，如《四部医典》扎汤版，洛追给布的《祖先口述》《新老宇陀传记》《四部医典蓝琉璃》等许多著作。桑吉嘉措还根据《四部医典蓝琉璃》的内容，主持绘制了一整套藏医彩色挂图，用形象的图画把该书的内容通俗地表述出来，全套挂图共79幅，这是世界医学史上仅有的珍贵文物，受到国内外藏学界及藏医界的特别重视。
这一时期的本草学著作是帝玛·丹增彭措的《晶珠本草》，全书收载各类药物2294种，涉及每一种药物的形态、功用、产地、用法等内容，是藏医药史上影响最大的药物学专著。
此外，这一时期藏医药在西藏以外的地区也得到了一定的发展。如公元1711年，青海的塔尔寺便建立了"曼巴扎仓"，此后，广惠寺、夏琼寺、拉加寺等寺院也相继建立了"曼巴扎仓"，开设藏医课程，学习经典医著，带徒传技，采制藏药，医治疾病，培养了一大批藏医人才。
十三世达赖（1895～1933）时期，藏医药有了进一步的发展。除发展医疗活动和整理古医籍外，对医学教育也给予了特殊的重视。1916年，达赖曾指示著名医学大师钦绕诺布主持建立一个医学和天文历算机构"门孜康"，专门培养藏医学和天文历算人才，编制藏族历书。学校学习以《四部医典》为主，同时还要学习天文历法、历史、诗歌等课程。学校有一整套严格的考试制度，学制为6年，学生最多时达150名。这所学校一直是近代培养藏医的主要场所。
1959年西藏民主改革后，特别是党的十一届三中全会以来，藏医药得到了各级领导的进一步重视与大力支持，使其在西藏、青海、四川、甘肃等各藏族聚居地区都取得到了长足的进步。
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