蒙古族医药是在长期的医疗实践中逐渐形成与发展起来的传统医学，其历史悠久，内容丰富，是蒙古族同疾病作斗争的经验总结和智慧结晶，也是一门具有鲜明民族特色、地域特点的医学科学。它不仅有着丰富的医疗实践，而且具有独特的理论体系和诊疗经验。

　　早在12世纪以前，蒙古族人民就发明和运用了许多适合地区特点的医疗方法。13世纪初，成吉思汗统一了蒙古各部后，随着社会经济文化的发展，在原有的医疗经验上逐步形成了具有初步基础理论与实践经验的古代蒙医药。后来又吸收了藏医、汉族传统医学和古代印度医学的基础理论和医疗经验，发展成为独具特色的医学理论体系。

　　蒙医药是蒙古族丰富文化遗产的一部分，也是祖国医学的重要组成部分。蒙医以“三根”学说为主要理论基础（三根--赫依、希拉、巴达干），同时还包括阴阳五行、五元学说、七素及六基症学说。蒙医治病方法，除药物治疗以外，还有传统的灸疗、针刺、正骨、冷热敷、马奶酒疗法、饮食疗法、正脑术、药浴、天然温泉疗法等。

　　13世纪初，成吉思汗统一了辽阔的大漠南北各部落，建立了蒙古帝国，蒙古社会进入了新的历史发展阶段。随蒙古帝国的兴起和强大，同国内各兄弟民族，特别是同汉、藏族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家的通商及文化交流也随之开始，蒙古族经济、文化得到了全面发展，蒙医传统疗法及临证用药、理论、实践等诸方面得到了进一步的发展与提高。

　　17世纪以后，蒙医学家将藏医、印度医学的理论与蒙古传统医药结合起来，编撰了大量的蒙医药著作，为蒙医药的发展奠定了理论基础。18世纪，蒙医学家伊希巴拉珠尔在《甘露汇集》中首次提出了“六种基本病症”理论（赫依、希拉、巴达干、血液、希拉乌素、粘虫）等蒙医独特的“六基症”理论，补充和发展了《四部医典》的内容。元代饮膳太医、蒙古族营养学家忽思慧，用汉文编著了《饮膳正要》一书，内容丰富，图文并茂，记载了大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法、各种食物、有关验方和营养学方面的内容，此书成为我国最早的营养学专著，生活在草原、森林地区的蒙古人对草药的知识掌握比较多，随着他们与国内兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济、文化交流的不断发展，不仅推动了社会的进步，同时也推动了中外医药学知识方面的联系和交流，内地和国外的药物也不断传入到蒙古地区，特别是西域人（泛指新疆和阿拉伯地区）的药物大量进入蒙古地区，1292年元统治者在今内蒙古锡林郭勒盟正兰旗所建的避署行宫设立了“回回药物院”。1576年后，藏医经典著作随西藏黄教传到蒙古地区。古印度大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》于17世纪被译成蒙文，其中包括古代印度“阿输吠陀”（Ayur.Veda）医学巨著。这些医著在蒙医的发展史上发挥了重要作用。

　　据史料记载：从13世纪到17世纪初，广大蒙古地区出现了不少民间医疗方法及方药，如酸马奶疗法，瑟必素疗法（蒙古语，即用牛羊等动物胃内反刍物做热敷的一种热置疗法），矿泉疗法，灸疗法，拔火罐疗法，正骨疗法，饮食疗法以及民间用药方法是是这个时期的产物。