1989年研究所内设立瑶医研究室，相继又设立民族药生物研究室、瑶医门诊部。一些瑶族聚居县（如广西金秀瑶族自治县）也陆续成立瑶医研究所及瑶医门诊部。配备专职科技人员，从基础到临床，对瑶医药进行调查整理研究。瑶医药从自生自灭的民间流传状态已登上大雅之堂，开始有了自己的临床及研究基地。目前已拥有一定数量的初、中、高级职称科技人才，从而结束了瑶医没有专家、教授的历史。
