抗生素事业部是上药集团给予充分授权经营的四大事业部之一，也是上药集团“打造中国医药航母”战略实施的主力军。下属有：上海新先锋药业有限公司和上海新亚药业有限公司两大企业，总资产达到30亿元人民币。

新先锋药业是“中国抗生素的摇篮”，中国第一支青霉素就在该企业诞生；新亚药业是中华民族制药工业的先驱，在近八十年的风风雨雨中，“品牌和质量”蜚声海外。抗生素事业部的药品涵盖所有抗感染药的门类，因此是国内品种最齐全、最丰富、最具有特色的专业性制造企业；另外，还重点发展心血管类、抗肿瘤类、消化道类和外用药类等多个系列的药品。